指挥官在完成特定系列任务后会面临一系列决定因素的战略抉择，这些选择通常被称为指挥官的五个选择任务，它们包括黑暗遗迹、异星联盟、超级武器协议、时空门投资和星际议会的裁决，每个任务都标准玩家根据自身战略偏好作出决策，并会对后续的游戏进程产生深远影响。

要尝试这些选择并完全解开指挥官功能，玩家需要按顺序完成游戏的主线剧情任务，开始的控制权在完成第二场梦系列任务后获取，此时按5键可以召唤出指挥官，但功能较为基础，只能在战甲旁边活动主题，这是接触游戏核心设定的开始。必须推进并完成内战任务，这会使指挥官获取自在移动和战斗的能力，不再只是待在战甲里的小帮手，而成为壹个能独立行动的重要人物，领会剧情对话对把握全球观很有帮助。

第壹个选择任务是黑暗遗迹，玩家需要决定是占领这处古老构造物以研究其科技、获取单位更新和资源增速等技术加成，还是直接摧毁它以立即对全图敌人造成损害并获取军事优势，这个选择决定了后续是获取技术进步潜力还是即时战略收益。第二个任务是异星联盟，在和外星种族接触后，玩家需决定是否结盟，例如选择擅长开采和防守的瓦格族利于资源控制，选择拥有高速攻击单位的扎格族则适合闪电战，保持中立虽可避免短期冲突但也许失去长期优势，结盟会带来特定领域强化也也许引发其他种族敌视。

第三个选择关于超级武器协议，面临是否签署协议批量开发超级武器的抉择，签署能大幅增强军事力量，适合追求压倒性武力的玩家，但也许引发国际压力和道德争议；回绝则也许在技术上暂时落后，但在外交和人际关系上占据有利位置。第四个任务是时空门投资，决策围绕是否投资建设连接异星的决定因素技术，投资能开始新星球寻觅和资源获取途径，适合希望扩张领土和科技突破的玩家；忽略该技术则意味着专注于现有星球的经营和防御，适合采取保守战略的玩家。