高难度挑战广泛分布在游戏的不同区域和玩法中，主要包括奥罗金遗迹、噩梦和密室任务、钢铁之路玩法、九重天舰队战以及冥王星哈迪斯图和地球赤毒爪喀等特定节点，除了这些之后梦中梦等系列任务以及日常的突击和电波任务也会提供周期性高难度选项。这些挑战通常需要玩家完成特定的前置条件，例如解开钢铁之路需要推进主线进度和枢纽节点，而进入奥罗金遗迹则必须从氏族道场复制四把龙钥的设计图并将其制作出来。挑战的解开往往和游戏进程紧密挂钩，为具备一定装备基础的玩家提供更富策略性的战斗尝试，完成后能够获取如唯一振幅晶体或独特资源等高价格奖励。

奥罗金遗迹是游戏核心的高难度挑战区域，玩家需要组队携带束缚、残血、腐朽、虚弱四把龙钥进入特定的遗迹歼灭任务，在关卡中寻找并开始隐藏的龙门。和此类似，噩梦任务和密室任务也属于高难度范畴，它们会附加诸如能量消耗翻倍或护盾失效等极端环境效果，成功完成这些任务是获取过度延展、盲怒等稀有振幅晶体（俗称4K卡）的主要途径。这些强力模组虽然能显著提高战甲或武器的性能，但通常会附带一些负面属性作为平衡。

当玩家解开钢铁之路玩法后，整个星图的全部任务敌人等级都会大幅提高，并会掉落钢铁精华等独特资源，这标准玩家必须提前配置好具有高生存能力的战甲和武器。另一项极具挑战性的是九重天玩法中的舰队战，玩家需要操控航道星舰在高强度的太空战中应对敌舰，对炮手武器组合和团队成员间的责任分工有很高标准。一些系列任务如梦中梦或驭浪者任务中也包含高难度挑战环节，例如驭浪者任务就需要玩家运用滑板完成一系列指定的高难度动作来解开相应的挑战标记点。

日常和周常活动主题中也不乏高难度挑战。每天的突击任务通常会配置独特的条件限制并提高敌人等级，完成后的奖励包括融合单元、加成卡或未开光的赋能等。而周期性的电波任务则提供了以更高难度完成任务来获取电波币的途径。对于希望刷取特定装备的玩家，冥王星的哈迪斯节点和地球的赤毒爪喀节点是获取护甲连接和三位一体护甲等独特模组的决定因素地点，这些任务往往伴高密度的敌人围攻，提议携带范围伤害型战甲和控场武器应对。